Kurikulum SD Khalifah merupakan perpaduan antara Kurikulum Dinas (Pemerintah) dan Kurikulum Khas SD Khalifah, yang secara spesifik mengadopsi Kurikulum Merdeka. Kurikulum ini menitikberatkan pada pengembangan Tauhid dan Entrepreneurship, serta berfokus pada materi esensial, pengembangan soft skills, dan karakter siswa. Kurikulum Merdeka memberikan keleluasaan kepada pendidik untuk menciptakan pembelajaran yang fleksibel, sehingga guru dapat menyesuaikan perangkat dan konten pembelajaran agar sesuai dengan minat dan kebutuhan belajar peserta didik.
