Pembelajaran bilingual, Sains Seru, pengembangan karakter, Pengenalan Nilai-Nilai Katolisitas dengan Metode Montessori, pembelajaran berbasis lingkungan, pembelajaran berbasis pengalaman, pendekatan personal, pengalaman langsung, kolaboratif dan sosial, refleksi dan pembelajaran diri, diferensiasi instruksi
SD Santo Yakobus mendidik anak melalui pengembangan akademik, keterampilan, karakter, dan kerohanian dengan tetap mengintegrasikan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi. SD Santo Yakobus juga menekankan nilai spiritualitas yang terwujud dalam pembiasaan hidup doa
“Kelompok Doa Beato Carlo Acutis,“ sehingga peserta didik dapat menjadi pribadi teladan dalam keluarga dan masyarakat.