SD Muhammadiyah 5 Kemanggisan memiliki berbagai kegiatan yang terintegrasi, dimulai dari pembiasaan keagamaan seperti Shalat Dhuha dan Dzuhur berjamaah, program Tahfizh Al-Qur'an, dan peringatan Hari Besar Islam. Di bidang akademik, sekolah menyediakan program pembinaan khusus untuk olimpiade, penguatan literasi, serta kegiatan kokurikuler yang mendukung pembelajaran di kelas. Sekolah juga menjalankan kegiatan khas seperti Malam Bina Iman dan Takwa (MABIT), Bakti Sosial, dan Market Day untuk melatih jiwa kewirausahaan dan kepedulian sosial siswa.
