Program dan kegiatan unggulan di SD Muhammadiyah 6 Tebet Timur berfokus pada integrasi pendidikan agama, akademik, dan keterampilan modern. Program unggulan di bidang keagamaan adalah Tahfizh Al-Qur'an yang intensif dan pembiasaan ibadah sehari-hari untuk membentuk karakter Islami. Di bidang akademik dan keterampilan, sekolah menekankan pada penguasaan teknologi melalui kegiatan seperti Robotic dan Coding, serta peningkatan kemampuan Bahasa Inggris. Selain itu, sekolah ini dikenal memiliki kegiatan ekstrakurikuler yang kuat, seperti beladiri Tapak Suci, Futsal, dan program-program yang mendukung literasi, bertujuan mencetak lulusan yang cerdas secara intelektual dan spiritual serta siap menghadapi tantangan zaman.
